Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 394579

Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina


Šikić, Krešimir
Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina 2008., doktorska disertacija, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


Naslov
Algoritmi za utvrđivanje fleksibilnosti proteina na temelju konformacije i fizikalnih svojstava proteina
(Algorithms for determination of protein flexibility based on conformations and physical properties of protein)

Autori
Šikić, Krešimir

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.09

Godina
2008

Stranica
169

Mentor
Jeren, Branko

Neposredni voditelj
Tomić, Sanja

Ključne riječi
Fleksibilnost; protein; obradba informacija; kompleksni sustav; poravnavanje; analiza normalnog moda; apriori metoda; aposteriori metoda; protein data bank (PDB); razredovanje
(Flexibility; protein; information processing; complex system; alignment; normal mode analysis; apriori method; aposteriori method; protein data bank (PDB); clustering)

Sažetak
Tema ovog rada je proučavanje fleksibilnosti proteina. U cilju proučavanja fleksibilnosti proteina u radu su predložene dvije nove metode za utvrđivanje fleksibilnosti. Metode su apriori i aposteriori. Prva metoda identificira fleksibilne i rigidne domene u proteinu na temelju karakteristika jednog prostornog oblika korištenjem kompleksnih modela i aproksimacija. Druga metoda se temelji na usporedbi dvaju prostornih oblika istog proteina. Prva metoda je točnija iz razloga što uzima u razmatranje dva prostorna oblika, ali nije uvijek upotrebljiva. Druga metoda se može uvijek primijeniti jer zahtijeva samo jedan prostorni oblik. Usporedbom rezultata dobivenih korištenjem ovih metoda dokazano je da je apriori dovoljno točna kako bi se mogla koristiti u budućim istraživanjima. Temeljem apostreriori metode napravljen je testni skup koji je moguće koristiti za testiranje novih metoda za određivanje fleksibilnosti. Kako obradba informacija u ovom radu ovisi o PDB zapisima napravljena je i sveobuhvatna usporedba PDB zapisa dobivenih različitim tehnikama. Na ovaj način su utvrđene razlike u zapisima koje mogu utjecati na istraživanja.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Branko Jeren, )
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Sanja Tomić, )

Ustanove
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb,
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb

Autor s matičnim brojem:
Krešimir Šikić, (250902)