engleski

Codon usage bias in metagenomes

Nejednako korištenje istoznačnih kodona je prevladavajuće obilježje kod prokariota u kojem se sinonimni kodoni koriste različitom učestalošću među različitim vrstama ili čak između gena unutar istog genoma. Ovo je obilježje povezano sa zastupljenošću tRNA u stanici i može se koristiti za predviđanje razine ekspresije proteina na način da usporedimo frekvencije korištenja kodona s referentnim setom kućepaziteljskih gena. Cilj našeg istraživanja je otkriti obrasce korištenja kodona unutar metagenomskih sekvenci i provjeriti prisutnost nejednakog korištenja istoznačnih kodona na razini mikrobnih zajednica. Istražili smo učestalost korištenja sinonimnih kodona u tri metagenomska uzorka i pokazali da: a) različiti metagenomi iskazuju različite obrasce korištenja kodona, i b) genske se funkcije unutar metagenoma s visokom ekspresivnošću (u usporedbi s meta-ribosomalnim setom) podudaraju s ekološkim zahtjevima okoliša, što upućuje da se različite vrste unutar mikrobnih zajednica zaista ponašaju poput meta-genoma.

metegenomes; codon; bioinformatics

nije evidentirano