hrvatski

Mutacija pojedinih aminokiselina u zavojnicama H2 i H3 utječe na vezanje tRNA na atipičnu seril- tRNA-sintetazu

Seril-tRNA-sintetaza (SerRS) je aminoacil-tRNA- sintetaza razreda II koja katalizira aktivaciju serina i njegov prijenos na pripadnu tRNASer. Metanogene arheje posjeduju neobičnu SerRS, evolucijski udaljenu od seril-tRNA-sintetaza iz drugih arheja, eukariota i bakterija. Rješenjem kristalne strukture atipične SerRS iz Methanosarcina barkeri (mMbSerRS) uočene su dvije posebnosti seril-tRNA-sintetaza metanogenog tipa: nova N-terminalna tRNA-vezujuća domena i cinkov ion u aktivnom mjestu. U svrhu proučavanja interakcije mMbSerRS i pripadne tRNASer, struktura kompleksa iz bakterija poslužila je za modeliranje vezanja tRNA na mMbSerRS. Prema modelu duga varijabilna ruka tRNA pozicionirana je upravo za interakciju s N-terminalnom domenom mMbSerRS. Kako bi se odredio doprinos pojedinih aminokiselina u N-terminalnoj domeni u vezanju tRNA, proizvedeno je dvanaest mutiranih oblika mMbSerRS. Test aminoaciliranja, nativna elektroforeza i metoda površinske plazmonske rezonancije upotrijebljeni su za istraživanje vezanja tRNA na mMbSerRS divljeg tipa i na njene mutirane oblike. Na temelju dobivenih rezultata zaključujemo da je uzvojnica H2 ključna za vezanje tRNA. Nadalje, pokazali smo da specifični bočni ogranci, smješteni u uzvojnici H3, također utječu na vezanje tRNA. Navedeni rezultati potvrđeni su in vivo testiranjem mutiranih oblika mMbSerRS na sposobnost suprimiranja amber mutacija u E. coli kad su koeksprimirani s genom za pripadnu arhealnu supresorsku tRNA.

seril-tRNA-sintetaza ; tRNA ; Methanosarcina barkeri ; interakcija tRNA i seril-tRNA-sintetaze

nije evidentirano