Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 313280

MODELIRANJE AUKSINSKIH MOLEKULA I NJIHOVE INTERAKCIJE S VEZNIM PROTEINOM – ABP 1


Bertoša, Branimir
MODELIRANJE AUKSINSKIH MOLEKULA I NJIHOVE INTERAKCIJE S VEZNIM PROTEINOM – ABP 1 2007., doktorska disertacija, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


Naslov
MODELIRANJE AUKSINSKIH MOLEKULA I NJIHOVE INTERAKCIJE S VEZNIM PROTEINOM – ABP 1
(MOLECULAR MODELLING OF AUXIN MOLECULES AND THEIR INTERACTIONS WITH BINDING PROTEIN – ABP1)

Autori
Bertoša, Branimir

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
26.04

Godina
2007

Stranica
122

Mentor
Tomić, Sanja

Ključne riječi
Auksin / ABP1 / klasifikacija auksina / 3D-QSAR model / simulacije molekulskom dinamikom / simulacije izlaska/ulaska liganda / signalizacijski mehanizam
(Auxin / ABP1 / classification of auxins / 3D-QSAR / molecular dynamics / simulations of ligand egress/entrance from the receptor binding site / signalling pathway)

Sažetak
Primjenom 3D-QSAR metode provedena je klasifikacija 92 molekule prema auksinskoj aktivnosti. Pored strukturnih obilježja u obzir je uzeta i mogućnost molekule da dospije do veznog mjesta receptora. Pri tome su korištene logP i logD vrijednosti izračunate standardnim programima, ali i vlastitim modelima izgrađenim za predviđanje koeficijenata razdjeljenja auksinskih molekula. Raspodjela logP i logD vrijednosti jasno ukazuje na utjecaj lipofilnosti molekula na njihovu biološku aktivnost. Konačni 3D-QSAR model omogućio je objašnjenje razlika u auksinskoj aktivnosti nekih, strukturno sličnih, molekula. Interakcije auksinskih molekula s veznim proteinom ABP1 istražene su algoritmom Monte Carlo, te simulacijama molekulske dinamike i simulacijama izlaska/ulaska liganda u vezno mjesto receptora. Na temelju rezultata računalnih simulacija (sveukupno 70-80 ns) postavljena je hipoteza o mehanizmu i ulozi ABP1 u auksinskoj signalizaciji koja je u skladu s eksperimentalnim podatcima. Prema toj hipotezi ABP1 je vanstanični auksinski receptor koji se može nalaziti u dvije konformacije koje se prvenstveno razlikuju u položaju C– kraja, a jedna od njih stabilizirana je vezanjem auksinske molekule. Simulacijama izlaska/ulaska liganda u vezno mjesto ABP1 nađeni su putevi u proteinskoj strukturi kojima se auksinska molekula služi za ulazak i izlazak iz aktivnog mjesta.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija



POVEZANOST RADA


Projekt / tema
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Sanja Tomić, )

Ustanove
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb