hrvatski

Utjecaj palindromskih sekvencija na stabilnost genoma kvasca Saccharomyces cerevisiae

Genomi velikog broja organizama sadrže ponovljene sekvencije, organizirane kao direktna Ili obrnuta ponavljanja s različitim stupnjevima homologije. Palindromske sekvencije predstavljaju posebnu vrstu obrnuto ponovljenih sekvencije, zbog toga što mogu poprimiti konformaciju ukosnice ili križne strukture u DNA. Iako su prisutne u funkcionalno važnim dijelovima genoma (mjesta za inicijaciju replikacije, terminatori itd.) Paiindromske sekvencije pokazuju destabilizirajući učinak na integritet genoma induciranjem rekombinacije i uzrokujući delecije. Navedeni učinci objašnjavaju se sa dva predložena modela (model replikacijskog bloka i model nastanka dvolančanog loma), a oba su podržana znatnim eksperimentalnim rezultatima. Međutim, prava priroda događaja koji dovode do destabilizacije genoma posredovane palindromskim sekvencijama još uvijek nije poznata. Kako bi se stekao bolji uvid u čimbenike koji utječu na stimulaciju rekombinacije uzrokovanu palindromima, u ovom radu konstruirana je serija izogenih sojeva kvasca koji su na desetom kromosomu imali dvije direktno ponovljene kopije regije CYC1. U svakom soju palindromska sekvencija duljine 112 bp smještena je između, ili u jednoj od ponovljenih kopija, te je mjerena stopa pop-out rekombinacije, koristeći gen URA3 kao marker za selekciju rekombinanata. Kao kontrole korišteni su sojevi bez Paiindromske sekvencije, ili sa nepalindromskom sekvencijom koja je bila iste veličine i locirana na istom mjestu u regijama CYC1 kao i palindromska sekvencija. Prisustvo Paiindromske sekvencije u ovom eksperimentalnom sustavu uzrokovalo je povećanje stope rekombinacije od 3 do 9 puta, a povećanje je bilo najveće kada je palindromska sekvencija bila smještena između ponovljenih kopija. Analiza pop-out rekombinanata pokazala je da se prilikom rekombinacije palindromska sekvencija očuva u 1% slučajeva, za razliku od nepalindromske sekvencije koja se očuva u 30% slučajeva. Ovi rezultati upućuju na zaključak da su Paiindromske sekvencije rekombinogene zbog toga što se u njih uvode dvolančani lomovi od strane još zasad nepoznate endonukleaze.

kvasac; homologna rekombinacija; palindromske sekvencije; genetička stabilnost

nije evidentirano