engleski

INVESTIGATION OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS USING COMBINE ANALYSIS

Ras proteini su skupina proteina koja sudjeluje u staničnoj signalizaciji i utječe na mnoge važne procese u stanici. Djeluju kao signalne sklopke koje mogu egzistirati u dva oblika, aktivnom u kojem vežu GTP, i inaktivnom sa vezanim GDP. U aktivnom obliku Ras proteini stupaju u interakciju s proteinima koji predstavljaju njihove efektore i na takav način prenose signal. Hidrolizom nukleotida dolazi do konformacijske promijene i rapada kompleksa. Činjenica da je kod 30% ljudskih tumora nađen aktivirani oblik Ras gena u stanici ukazuje na njihovu ulogu u nastanku tumora. Iako je domena preko koje Ras proteini ostvaruju interakciju s efektorima sačuvana unutar Ras skupine proteina, velike su razlike u stabilnosti kompleksa različitih Ras proteina s različitim efektorima. Koristeći termodinamička mjerenja stabilnosti kompleksa između različitih mutanata Ras proteina i mutanata proteina efektora [1] nađena je korelacija između 3D strukture i aktivnosti i napravljen je 3D QSAR (Quantitative Structure – Activity Relationship) model kojim je moguće predvidjeti stabilnost kompleksa novih mutanata. Izgradnja modela temelji se na COMBINE (Comparative Binding Energy) analizi u kojoj se slobodna energija interakcije prikazuje kao uravnotežena suma elektrostatskih i van der Waalsovih interakcija između rezidua: Najvažnija odlika COMBINE modela jest mogućnost predviđanja novih mutacija kojima bi se znatno promijenila stabilnost kompleksa Ras proteina sa efektorom, te time utjecalo i na njihovu sposobnost prijenosa signala u stanici. Glavnu ulogu u stvaranju kompleksa imaju elektrostatski nabijene aminokiseline smještene u blizini dodirne površine Ras proteina i efektora. [1] C. Kiel, L. Serrano, C. Herrmann, J. Mol. Biol. 340 (2004) 1039 – 1058

COMBINE; RAS; RAF

nije evidentirano