hrvatski

Aktivnost retrotranspozona Tpv2 u stanicama uročnjaka Arabidopsis thaliana L.

LTR-retrotanspozoni su najčešći pokretni genetički elementi u eukariota i obuhvaćaju značajan dio genoma svih biljnih vrsta (npr. više od 70% genoma kukuruza). Unatoč tome, do danas je izolirano svega nekoliko aktivnih biljnih LTR-retrotranspozona. Istraživanja aktivnosti retrotranspozona otežana su, naime, zbog velikog broja kopija u genomu, pa se u tu svrhu retrotranspozoni nastoje ugraditi u genom novog domaćina, najčešće u biljku A. thaliana. Cilj ovog rada bio je transformirati stanice uročnjaka A. thaliana hibridnim LTR-retrotranspozonom Tpv2 graha u svrhu istraživanja njegove aktivnosti. Hibridni element Tpv2 sastavljen je iz dijelova dviju nefunkcionalnih kopija izoliranih iz genoma graha. U svrhu olakšanog praćenja aktivnosti, napravljen je i retrotranspozon nazvan Tpv2i, u koji je ugrađen intron iz gena za glutamin sintetazu biljke Lotus japonicus. Stanice korjenja uročnjaka transformirane su retrotranspozonom Tpv2 ili Tpv2i primjenom bakterije Agrobacterium tumefaciens. U istraživanju su korištena dva ekotipa uročnjaka, WS i Col-O, pa su proizvedena ukupno četiri tipa transgenih biljaka. Nakon izolacije ukupne biljne DNA, analiza aktivnosti retrotranspozona provedena je PCR-om (lančana reakcija polimerazom) i hibridizacijom po Southernu. Nije utvrđena aktivnost niti jednog oblika retrotranspozona Tpv2. LTR-retrotransposons are the most common class of eukaryotic mobile elements and have been recently shown to occupy a large proportion of all plant genomes (e.g. more than 70% of maize genome). However, only few transpositionally active plant LTR-retrotransposons have been isolated so far. An impediment to investigation of retrotransposon activity in native host is the considerable background of copies. The aim of our study was to transform A. thaliana with hybrid common bean Tpv2 retrotransposon to investigate its activity. The hybrid Tpv2 element was made out of the fragments of two non-functional copies isolated from the genome of Phaseolus vulgaris. In addition, the intron of glutamine synthetase gene of Lotus japonicus has been inserted into one Tpv2 construct named Tpv2i. Roots of A. thaliana WS and Col-O ecotypes were transformed with either Tpv2 or Tpv2i element via Agrobacterium-mediated transformation. Four types of transgenic Arabidopsis plants were obtained this way. Upon the isolation of plant genomic DNA, the activity of retroelements was analysed by PCR, using primers flanking intron, and by Southern blotting. The activity of neither Tpv2 nor Tpv2i has been detected in any transgenic plant studied.

retrotranspozoni Tpv2; Arabidopsis thaliana L.

nije evidentirano