hrvatski

Strukturna i organizacijska raznolikost satelitskih DNA u genomu školjkaša Donax trunculus

U eukariotskim genomima obično postoji više različitih satelitskih DNA koje sačinjavaju vrsno specifični satelitski profil. U genomu školjkaša Donax trunculus dosad je otkriveno pet različitih satelitskih DNA koje se sve odlikuju malim udjelom u genomu. Sada su karakterizirane dvije nove satelitske DNA, obje otkrivene kloniranjem fragmenta iz HinfI monomerne restrikcijske pruge. Usprkos istovjetnoj duljini monomera od 169 pb, sateliti se potpuno razlikuju po nukleotidnom slijedu, te je satelit DTF1 izrazito AT siromašan dok je satelit DTF2 AT bogat. Udio satelita DTF1 u genomu iznosi 5% dok je udio satelita DTF2 oko 10 puta manji. Duljina neprekinutih nizova HinfI satelitskih DNA u genomu izrazito je varijabilna i kreće se od nekoliko kb do više od stotinu kb. Sekvenca ponavljanja DTF1 satelitske DNA izrazito je sačuvana što je potvrđeno, osim na kloniranim fragmentima, i izravnim sekvenciranjem genomske DNA. Međutim, u genomu je također otkrivena i skupina varijanti monomera satelita DTF1 koja se osim razlikama u nukleotidnom slijedu odlikuje i kraćom jedinicom ponavljanja. Varijante monomera satelita DTF2 mogu se na osnovu dijagnostičkih promjena podijeliti u više podporodica. Unutar podporodica nukleotidni slijed jedinica ponavljanja je izrazito homogen, a razlike među podporodicama posljedica su točkastih mutacija i rekombinacijskih procesa među postojećim varijantama monomera. Posebno se izdvaja RsaI organizacijska jedinica višeg reda koja se sastoji od jednog potpunog i jednog skraćenog elementa DTF2 satelitske DNA, te kratkog nesrodnog fragmenta. Na primjeru HinfI satelitskih DNA moguće je lako pratiti životni ciklus satelitskih DNA u kojem mutacijski i rekombinacijski događaji uzrokuju nastanak novih varijanti monomera, koje se zatim odvojeno šire procesima usklađene evolucije i time dovode do nastanka složenih satelitskih profila, specifičnih za svaku vrstu.

Bivalvia; genomska organizacija; satelitska DNA; teorija biblioteke

nije evidentirano