hrvatski

Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače

CILJ. Redukcija podataka nužan je korak u RNK sekvenciranju, ali protokol koji optimalno ekstrahira biološke informacije u prisutnosti zbunjujućih čimbenika nedostaje za mnoga tkiva. Tkivo štitnjače nije iznimka. METODE. U tu smo svrhu analizirali transkripcijsku varijabilnost tkiva štitnjače korištenjem knjižnica RNK sekvenciranja iz GTEx projekta (v8 izdanje). Ukupno je analizirano 228 profila cjelogenomske ekspresije u ovisnosti o demografskim podacima donora i atributima uzoraka. Provedena je analiza particije varijance, hijerarhijsko grupiranje i faktorizacija matrica, nakon čega je uslijedilo profiliranje bioloških puteva unutar visoko izraženih metagena (Gene Ontology, Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Cell Signatures, Broad Molecular Signatures Database v7.4). REZULTATI. U potpunosti razvijen Hashimotov tiroiditis, kada je bio prisutan, dominantan je izvor transkripcijske varijabilnosti. Za zdravo tkivo štitnjače doprinos tehničkih kovarijata nadmašuje utjecaj demografskih podataka (starost, spol i etnička pripadnost). Mlađa dob, smrt na respiratoru, bolje očuvana RNK, kratka ishemija i ograničena autoliza povezani su s izražajem detoksikacijskih i antioksidativnih, obrambenih gena iz NRF2 puta. Nasuprot tome, starija dob, spora smrt, lošije očuvana RNK, produljena ishemija i viši stupanj autolize povezani su s transkripcijskim biljezima hipoksijskog odgovora, ishemijske ozljede vaskulature, NFκB signaliziranja i aktivacije perivaskularnih fibroblasta. ZAKLJUČAK. Identificirali smo različite obrasce transkripcijske varijabilnosti koji proizlaze iz širokog raspona demografskih i tehničkih kovarijata. Brojni geni koordinirano mijenjaju izražaj, odražavajući rezidualnu transkripciju dugo nakon prestanka života.

sekvenciranje RNK ; štitnjača ; izražaj gena ; bioinformatika ; Hashimoto tiroiditis, zbunjujući čimbenici

nije evidentirano