hrvatski

Regulacija aktivnosti sustava CRISPR-CAS u bakteriji Escherichia coli: uloga četvrtog promotora

Adaptivni imunološki sustav CRISPR-Cas štiti mnoge bakterije i većinu arheja od strane DNA. Sustav CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli pripada klasi 1, tipu I-E, a sastoji se od 8 gena cas i dva lokusa CRISPR. Tri promotora kontroliraju ekspresiju svih komponenti sustava CRISPR-Cas (gen cas3, operon casABCDE12 i lokus CRISPR), a četvrti, nazvan anti-Pcas, je divergentno orijentiran i nepoznate je funkcije. Ovaj promotor kodira kratki transkript od 373 nukleotida koji se preklapa sa zadnjih 205 nukleotida gena cas3 i također je pod kontrolom proteina H-NS, kao i ostala tri promotora. Kako se ovaj transkript može smotati u složenu sekundarnu strukturu predloženo je da može potencijalno stupiti u interakciju s proteinom Cas3 kako bi inhibirao njegovu aktivnost, ili se vezati na RNK transkript gena cas3 i time inhibirati njegovu terminaciju transkripcije i/ili translaciju. U ovom radu smo testirali drugu mogućnost i pokazali metodom RT- qPCR kako transkript anti-cas smanjuje količine transkripata gena cas3 ako se eksprimira u suvišku s plazmida, ali ne u mutantu Δhns. Nadalje, u suvišku transkripta anti-cas3 s plazmida, pripremljena adaptacija (ugradnja novih razmaknica iz iste strane DNA) je efikasnija, dok je zaštita bakterija od napada fagima poništena. Iz svega navedenog, može se zaključiti da suvišak transkripta anti-cas utječe na transkripciju gena cas3 što dovodi do smanjene aktivnosti proteina Cas3, vjerojatno uslijed smanjenja njegovih količina u stanici.

CRISPR-Cas, cas3, anti-cas, E. coli

nije evidentirano