hrvatski

OTKRIVANJE MEHANIZAMA REUMATSKE BOLESTI SEKVENCIONIRANJEM CJELOKUPNOG EGZOMA

Uvod Klavikularna kortikalna hiperostoza (CCH) rijetka je bolest nepoznate etiologije i ishoda, klinički karakterizirana bolnošću i/ili oticanjem klavikule. Ispitivanje genskoga izražaja na sitnopolju u bolesnika s CCH pokazalo je razlike za 974 gena uključena u različite upalne procese, dok je qRT-PCR analiza potvrdila pojačan izraža TRPM3 i TRPM7 gena te niži izražaj ERBB2. K tome, imunofl uorescentna mikroskopija pokazala je značajno pojačan signal TRPM3 proteina u krvnim stanicama bolesnika. Kako bi se utvrdilo da li postoje varijante gena koje bi mogle uzrokovati bolest, potrebno je provesti i sekvencioniranje cjelokupnog egzoma (WES). Ispitanici i metode Genomska DNA izolirana je iz krvi tri bolesnika s CCH. Sekvencioniranje egzoma učinjeno je pomoću Nextra Rapid Capture Exome Kit na HiSeq 2000 sekvencioneru sljedeće generacije. Dobivene varijante su obilježene i fi ltrirane pomoću programa Variant Studio i Variant Interpreter. Rezultati WES analizom u bolesnika s CCH otkriveno je 428 zajedničkih identičnih varijanti, od kojih 30 nije povezano s genom, 121 je u ZNF717 genu i 277 je raspoređeno u 63 druga gena. Jedna heterozigotna varijanta u CTBP2, jedna u HYDIN i šest u ZNF717 genu klasifi cirane su kao vjerojatno patogene. Zaključak WES analiza pokazala je da se većina vjerojatno patogenih varijanti nalazi u ZNF717 genu. Navedeni gen kodira Kruppel-associated box (KRAB) zinc-fi nger protein koji spada u veliku grupu transkripcijskih regulatora te je stoga uključen u regulaciju krucijalnih fi zioloških i patoloških procesa. Mnogi aspekti navedenih proteina, poput uloge u upalnom procesu, nisu još poznati, no smatra se kako pojačavaju dostupnost DNK i transkripciju proupalnih gena. Ako još k tome dodamo i mogući utjecaj na opažene promjene u izražaju gena, svi navedeni procesi mogli bi doprinijeti razvoju CCH.

sekvencioniranje sljedeće generacije ; genetske varijacije ; upalne bolesti ; reumatske bolesti ; autoinflamatorne bolesti

nije evidentirano