Identifikacija odstupanja u kloroplastnim genomskim podacima (CROSBI ID 730660)
Prilog sa skupa u zborniku | sažetak izlaganja sa skupa | međunarodna recenzija
Podaci o odgovornosti
Turudić, Ante ; Liber, Zlatko ; Grdiša, Martina ; Jakše, Jernej ; Varga, Filip ; Šatović, Zlatko
hrvatski
Identifikacija odstupanja u kloroplastnim genomskim podacima
Kloroplastni genomi su važan tip podataka u biljnim genomskim istraživanjima jer se često koriste u filogenetskim istraživanjima. Napredak tehnologija sekvenciranja i metoda sastavljanja sekvenci genoma pridonosi povećanju broja javno dostupnih sekvenci kloroplastnog genoma. Broj sastavljenih cjelokupnih kloroplastnih sekvenci je barem za red veličine veći od sastavljenih jezgrenih DNA sekvenci. Stabilna genetska struktura i uniparentalno nasljeđivanje kloroplasta dovodi do niske stope mutacija tijekom evolucije, pa bi tako srodne vrste morale imati vrlo slične kloroplastne sekvence. Ova činjenica te dostupnost velike količine podataka cjelokupnih kloroplastnih genoma omogućila je analizu metoda identifikacije mogućih odstupanja u kloroplastnim genomskim podacima. Identifikacija odstupanja ukazuje na moguće greške prilikom sastavljanja sekvenci. Analizirali smo odstupanja između sekvenci koje bi trebale biti vrlo slične i provjerili jesu li ta odstupanja uzrokovana različitim metodama sastavljanja sekvenci. Dobiveni rezultati ukazuju na postojanje odstupanja u proučavanim kompletnim kloroplastnim sekvencama te potrebu dodatnih provjera postojećih javno dostupnih podataka.Stoga je moguće unaprijediti i postojeće metode sastavljanja sekvenci uključivanjem sličnih provjera.
javni genetski podaci ; kloroplastni genom ; proces sastavljanja genoma ; provjera podataka
nije evidentirano
engleski
Detection of divergences in chloroplast genomic data
Kloroplastni genomi su važan tip podataka u biljnim genomskim istraživanjima jer se često koriste u filogenetskim istraživanjima. Napredak tehnologija sekvenciranja i metoda sastavljanja sekvenci genoma pridonosi povećanju broja javno dostupnih sekvenci kloroplastnog genoma. Broj sastavljenih cjelokupnih kloroplastnih sekvenci je barem za red veličine veći od sastavljenih jezgrenih DNA sekvenci. Stabilna genetska struktura i uniparentalno nasljeđivanje kloroplasta dovodi do niske stope mutacija tijekom evolucije, pa bi tako srodne vrste morale imati vrlo slične kloroplastne sekvence. Ova činjenica te dostupnost velike količine podataka cjelokupnih kloroplastnih genoma omogućila je analizu metoda identifikacije mogućih odstupanja u kloroplastnim genomskim podacima. Identifikacija odstupanja ukazuje na moguće greške prilikom sastavljanja sekvenci. Analizirali smo odstupanja između sekvenci koje bi trebale biti vrlo slične i provjerili jesu li ta odstupanja uzrokovana različitim metodama sastavljanja sekvenci. Dobiveni rezultati ukazuju na postojanje odstupanja u proučavanim kompletnim kloroplastnim sekvencama te potrebu dodatnih provjera postojećih javno dostupnih podataka.Stoga je moguće unaprijediti i postojeće metode sastavljanja sekvenci uključivanjem sličnih provjera.
public genomic data ; chloroplast genome ; assembling process ; data checking
nije evidentirano
nije evidentirano
nije evidentirano
nije evidentirano
nije evidentirano
nije evidentirano
Podaci o prilogu
33-34.
2022.
objavljeno
Podaci o matičnoj publikaciji
Zbornik sažetaka 15. međunarodnog kongresa oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo
Dugalić, Ivana ; Haramija, Josip
Zagreb: Hrvatsko agronomsko društvo
2459-5721
Podaci o skupu
15. međunarodni kongres Oplemenjivanje bilja, sjemenarstvo i rasadničarstvo
predavanje
08.11.2022-11.11.2022
Zadar, Hrvatska