hrvatski

Vizualizacija promjena aktivnosti mikrobnih zajednica u geotermalnom biofilmu iz Bizovačkih toplica

Mikrobni biofilmovi iz geotermalnih izvora su kompleksne, samoodržive zajednice čiji je sastav određen teškim uvjetima u kojima egzistiraju. Osim tlaka i visokih temperatura, prisutnost svjetla i dostupnost različitih elektron donora i akceptora predstavljaju glavne čimbenike koji utječu na metaboličku aktivnost ovih zajednica. Ciljevi istraživanja bili su identifikacija i vizualizacija aktivnih populacija biofilma iz Bizovačkih toplica u različitim, ekološki relevantnim supstratima i uvjetima. Biofilm je inkubiran tijekom 24 i 48 sati na temperaturi bušotine u acetatu, piruvatu, glukozi i tiosulfatu te sa i bez prisustva svjetla. BONCAT (eng. Bioorthogonal Non-Canonical Amino Acid Tagging) metoda omogućila je označavanje translacijski aktivnih mikroorganizama inkorporacijom sintetske aminokiseline HPG (eng. L-homopropargylglycine) u novo sintetizirane proteine fluorescentno obojane azid- alkin KLIK reakcijom. Potom, filogenetski identitet aktivnih stanica i staničnih agregata određen je CARD-FISH (eng. Catalyzed Reporter Deposition rRNA- targeted Fluorescence in Situ Hybridization) metodom ciljajući najzastupljenije skupine, identificirane pomoću 16S rRNA amplikona sekvenci. Uzorci su pregledani na invertnom mikroskopu (Leica DMi8, Njemačka) te je analiza biovolumena provedena u daime software-u (v. 2.2.3.). Utjecaj svjetla doveo je do niže aktivnosti Gammaproteobacteria, Chloroflexia i Campylobacterota u usporedbi s inkubacijom u mraku, dok je najveći postotak aktivnih Thermoanaerobacteriuma bio prilikom dvodnevne inkubacije na svjetlu. Najveća aktivnost Gammaproteobacteria i Chloroflexia uočena je prilikom inkubacija s acetatom i tiosulfatom. Duža inkubacija u piruvatu dovela je do veće aktivnosti svih skupina u usporedbi s aktivnošću tijekom prvih 24 sata. Gammaproteobacterie imale su podjednak postotak aktivnosti (28, 2%) prilikom inkubacije s glukozom kroz oba dana.

Geotermalni izvori ; biofilm ; 16S rRNA ; BONCAT ; CARD-FISH

nije evidentirano