hrvatski

MODELIRANJE PROTEN-DNA KOMPLEKSA TRANSKRIPCIJSKOG FAKTORA MntR IZ BAKTERIJE Bacillus subtilis

Porodica bakterijskih transkripcijskih faktora MntR sudjeluje u regulaciji homeostaze metalnih iona u velikom broju bakterijskih vrsta. Transkripcijski faktor MntR iz bakterije Bacillus subtilis je manganov metalosenzor koji veže manganove ione u binuklearna vezna mjesta kada stanična koncentracija manganovih iona prijeđe optimalnu vrijednost, što ga aktivira za vezanje na DNA i represiju ekspresije gena za unos manganovih iona [1]. Iako je ovaj protein dobro istražen [2, 3], niti u literaturi, niti u dostupnim bazama podataka ne postoje strukture ovog proteina u kompleksu s ciljnom DNA sekvencom. U svrhu podrobnijeg istraživanja proteina MntR, provedene su simulacije molekulske dinamike proteina u kompleksu s DNA te same ciljane DNA sekvence. Na temelju klaster analize dobivenih trajektorija izabrane su strukture za izgradnju protein-DNA kompleksa homolognim modeliranjem na temelju protein-DNA strukture DtxR proteina iz MntR proteinske obitelji.

molekulska dinamika, transkripcijski faktori, MntR

nije evidentirano