Računalna analiza dugih nekodirajućih RNA ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus) (CROSBI ID 447667)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Bodulić, Kristian
Vlahoviček, Kristian
hrvatski
Računalna analiza dugih nekodirajućih RNA ogulinske špiljske spužvice (Eunapius subterraneus)
Pojavom metoda sekvenciranja druge generacije, duge nekodirajuće RNA postale su vrlo zanimljiv predmet bioloških istraživanja. Njihove uloge dokazane su u velikom broju bioloških procesa, od kojih je najvažnije spomenuti regulaciju ekspresije brojnih gena. Ipak, ova skupina RNA još uvijek nije istražena u brojnim koljenima životinja, uključujući i spužve. Radi bolje karakterizacije navedene skupine RNA spužvi, u ovom istraživanju korištene su dvije sekvencirane knjižnice RNA primarnih kultura ogulinske špiljske spužvice. Serijom bioinformatičkih metoda u sastavljenim transkriptomima pronađen je velik broj dugih nekodirajućih RNA. Utvrđeno je postojanje brojnih sličnih svojstava dugih nekodirajućih RNA spužvi i drugih životinjskih koljena, uključujući izrezivanje introna, mogućnost alternativnog prekrajanja i pristranost u sastavu nukleotida. Također, ustanovljena je potencijalna uloga transpozona u nastanku dugih nekodirajućih RNA, kao i moguća uloga navedene skupine RNA u regulaciji ekspresije brojnih protein- kodirajućih gena. Isto tako, opisan je raznolik skup stabilnih sekundarnih struktura dugih nekodirajućih RNA. Na kraju, pronađena je relativno slaba očuvanost dugih nekodirajućih RNA u koljenu spužvi, pri čemu iznimku čini izrazito velika sličnost navedene skupine RNA ogulinske špiljske spužvice i srodne spužve Ephydatia muelleri, što baca novo svjetlo na raspravu o mogućnosti pogrešne klasifikacije ogulinske špiljske spužvice.
Nekodirajući dijelovi genoma ; Koljeno spužvi ; Transkriptom ; Transpozoni ; Očuvanost RNA
nije evidentirano
engleski
Computational analysis of long non-coding RNA in endemic cave sponge (Eunapius subterraneus)
nije evidentirano
Non-coding genomic elements ; Phylum Porifera ; Transcriptome ; Transposones ; RNA conservation
nije evidentirano
Podaci o izdanju
59
18.09.2020.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Zagreb