hrvatski

Molekulsko uklapanje potencijalnih inhibitora na protein ABCG2

Protein ABCG2 je transmembranski protein koji djeluje kao poli-specifična pumpa za izbacivanje endogenih supstrata. Prekomjerna ekspresija proteina ABCG2 u stanicama karcinoma uzrok je otpornosti stanica karcinoma na mnoge lijekove. Recentna istraživanja pokazala su potencijal adamantil-supstituiranih diaza-krunastih etera (DAC) kao inhibitora proteina ABCG2. U sklopu ovog diplomskog rada računalno je istraženo vezanje različitih DAC na protein ABCG2 te je njihovo vezanje uspoređeno s vezanjem literaturno poznatih inhibitora i supstrata proteina ABCG2. Vezanje DAC te poznatih inhibitora i supstrata proteina ABCG2 provedeno je metodom molekulskog uklapanja. Napravljena su dva računa molekulskog uklapanja za svaki ligand. Prvi račun obuhvaćao je cijeli protein ABCG2, dok je drugi račun obuhvaćao samo mjesto vezanja supstrata i inhibitora (šupljna 1). Temeljem provedenog računalnog istraživanja vezanja liganada na protein ABCG2 utvrđeno je da DAC-amidi imaju povoljniji afintet vezanja za šupljinu 1 od poznatih inhibitora proteina ABCG2. Spojevi DAC-amidi se za razliku od poznatih inhibitora i supstrata proteina ABCG2 ne vežu duboko unutar šupljine 1 te ne ostvaruju značajnije interakcije s aminokiselinom koja je literaturno apostrofirana kao važna za vezanje inhibitora (Phe 439). Budući da se DAC-amidi također vežu za mjesto prijelaza iz domene NBD u domenu TMD, predložena su dva potencijalna načina inhibicije proteina ABCG2.

molekulsko uklapanje, protein ABCG2, krunasti eteri, inhibitori

nije evidentirano