hrvatski

Karakterizacija centromernih sekvenci pacifičke kamenice (Crassostrea gigas)

Školjkaši su ekonomski važan razred beskralješnjaka, osobito u marikulturi. Osim ekonomskog značaja, oni su nezamjenjivi dio ekosustava u kojem sudjeluju u prijenosu organskih tvari i minerala. Stoga se broj analiziranih genoma školjkaša višestruko povećao u zadnjih nekoliko godina. Trenutno je sekvencirano 20 školjkaških genoma. Prvi sekvencirani je genom pacifičke kamenice (Crassostrea gigas) koji je parcijalno sastavljen do razine genomskih odsječaka (engl. scaffold). Veličina genoma pacifičke kamenice procjenjuje se na 558 Mb, a osobit je po tome što sadrži mali udio heterokromatina i mali udio satelitnih DNA. Centromere su kromosomski lokusi neophodni za pravilno razdvajanje genetskog materijala tijekom stanične diobe. Iako su centromere funkcionalno stabilne i strukturno visokoočuvane, centromerna DNA mijenja se brzo tijekom evolucije, a zajedno s njom i specifični proteini koji se vežu za centromernu DNA. Jedan od specifično vezanih proteina jest centromerna varijanta histona H3 koji u centromernim nukleosomima zamjenjuje kanonski H3 te predstavlja epigenetičku determinantu centromere. Centromerna i pericentromerna područja DNA često u svom sastavu imaju ponovljene sekvence. Kako bismo identificirali sekvence DNA koje izgrađuju centromerne lokuse na kromosomima pacifičke kamenice, napravili smo kromatinsku imunoprecipitaciju s antitijelom specifičnim za centromerni histon H3 ove vrste. Sekvenciranjem nove generacije odredili smo nukleotidni slijed imunoprecipitiranih segmenata DNA, kao i cjelokupne genomske DNA. Dobivene sekvence bionformatički su analizirane. Ponovljene sekvence DNA za koje se pokazalo da su obogaćene u centromernoj frakciji lokalizirane su metodom fluorescenscijske hibridizacije in situ (FISH) na metafaznim kromosomima. Ponovljene sekvence centromernih kandidata i protein CenH3 imunofluorescenscijski su kolokalizirani na gonadnim stanicama u različitim fazama spermatogeneze.

centromere, školjkaši, pacifička kamenica, ponavljajuća DNA, citogenetika

nije evidentirano