hrvatski

Raznolikost, evolucijski odnosi i uloga proteina SSB, DnaB i DnaG u bakterijama roda 'Candidatus Phytoplasma'

Bakterije roda 'Candidatus Phytoplasma' su bakterije bez stanične stijenke koji nastanjuju floem biljaka i kukce-vektore, a nije ih moguće uzgajati u čistoj kulturi in vitro. Njihovi genomi su mali i reducirani, no često bogati ponavljajućim sljedovima koji mogu biti organizirani u potencijalne mobilne jedinice (potential mobile unit ; PMU). Geni koje ovi elementi nose mogu biti prisutni u više kopija u genomu, a neki od njih su geni ssb, dnaB i dnaG koji kodiraju za proteine replisoma. Napravljena je filogenetska analiza nukleotidnih i proteinskih sekvenci gena ssb, dnaB i dnaG iz uzoraka sekvenciranih u ovom radu preuzetih iz sekvenciranih i anotiranih genoma bakterija roda 'Ca. Phytoplasma', Acholeplasma i Spiroplasma iz NCBI baze podataka. Analiza je pokazala da su se u slučaju sva tri istraživana gena sekvence koje pripadaju PMU dijelovima genoma izdvojile od drugih sekvenci što upućuje na njihovu neovisnu evoluciju tijekom horizontalnog prijenosa kroz različite vrste fitoplazmi. Gen ssb kod fitoplazmi nalazi se kao izvorna kopija u genomu te kao geni s drugačijim evolucijskim porijeklom na PMU elementima, dok su kod gena dnaB i dnaG sekvence na PMU nastale kao kopije gena iz stabilnog dijela genoma. Gen dnaB razdvojio se na dvije velike skupine koje odgovaraju varijantama gena dnaB1 i dnaB2, a samo varijanta gena dnaB1 sadržava sekvence koje pripadaju PMU elementima. Iz svega navedenog proizlazi da je uloga višestrukih kopija ovih gena u genomima fitoplazmi u povećanju plastičnosti njihovog genoma kako bi bile sposobne za nastanjivanje različitih domaćina i životnih uvjeta.

evolucija, replisom, nestabilnost genoma, horizontalni prijenos gena, potencijalna mobilna jedinica, biljni patogen, sekvenciranje

nije evidentirano