hrvatski

Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma

Zbog golemih duljina genoma, njihova bilo kakva bioinformatička obrada vrlo je memorijski zahtjevna. Općenito, efikasna pohrana ocjena kvaliteta (engl. Phred quality scores) u radnu memoriju predstavlja veći izazov od pohrane samih sljedova pa se prirodno nameće pitanje njihove kompresije. U ovom radu predstavljamo algoritam kompresije ocjena kvaliteta genetskih sljedova koji smanjuje memoriju potrebnu za njihovu pohranu gotovo pa četiri puta. To postiže sažimanjem svake ocjene kvalitete s dva bita umjesto osam te računanjem povoljnog preslikavanja dvobitnih kôdova natrag u ocjene kvalitete. Također u radu ispitujemo količinu informacije koju kompresija gubi nad stvarnim i simuliranim podatcima te utjecaj njene primjene na točnost alata Racon

bioinformatika, ocjena kvalitete, kompresija, sažimanje, FASTQ format

nije evidentirano