hrvatski

Ispitivanja inhibicije dipeptidil peptidaze III metalnim dikationima

Od ranije je poznato da peptidaznu aktivnost ljudske dipeptidil peptidaze III (hDPP III) inhibira suvišak iona cinka [1]. Cilj ovog istraživanja je utvrditi utjecaje različitih koncentracija metalnih dikationa: Zn2+, Mn2+, Co2+ i Cu2+ na aktivnost hDPP III, te identificirati inhibitorsko vezno mjesto metala. Postojanje inhibitornog veznog mjesta metala pretpostavljeno je na temelju strukturne sličnosti aktivnog mjesta hDPP III i termolizina kod kojeg je već dokazano vezanje drugog iona metala u neposrednoj blizini katalitički aktivnog iona (PDB: 1LND), te opaženog smanjenja aktivnosti hDPP III pri višim koncentracijama cinka [1]. Inhibicija hDPP III metalnim dikationima ispitat će se eksperimentalnim i računalnim metodama. Za potrebe eksperimentalnih istraživanja pripremljen je apoenzim, a njegovom inkubacijom različitim koncentracijama metalnih otopina pripremit će se četiri skupine holoenzima. U tako pripremljenim uzorcima koncentracije metala određivat će se masenom spektrometrijom visoke rezolucije s induktivno spregnutom plazmom (HR-ICP-MS), te mikrokalorimetrijskim metodama (izotermalna titracijska kalorimetrija, ITC). Kinetičkim mjerenjima ispitat će se aktivnost holoenzima. Molekulsko dinamičkim simulacijama u kombinaciji s računima slobodne energije vezanja pojedinih metalnih iona i kvantno mehaničkim - molekulsko mehaničkim računima pokušat će se identificirati najpovoljniji položaj drugog metalnog iona u blizini aktivnog mjesta hDPP III. Rezultati ovih istraživanja trebali bi pružiti detaljnu submolekularnu sliku metalne ionske izmjene u hDPP III, otkriti položaj potencijalnog inhibitornog metalnog veznog mjesta u hDPP III i objasniti kako dodatni ion cinka utječe na vezanje i hidrolizu supstrata. [1] K. M. Fukasawa et al., Biochim Biophys Acta1 804 (2010) 2063.

ljudska dipeptidil peptidaza III ; metalni dikationi ; apoenzim ; holoenzim

nije evidentirano