hrvatski

Utjecaj različitih gena na zaštitnu ulogu sustava CRISPR-Cas u bakteriji Escherichia coli

Sustav CRISPR-Cas je važan obrambeni mehanizam mnogih prokariota od infekcije stranom DNA, poput plazmida i faga. Sastoji se od lokusa CRISPR i 8 gena cas u neposrednoj blizini. Lokus CRISPR sastoji se od niza ponavljajućih palindromskih sekvenci između kojih se nalaze razmaknice, podrijetlom iz faga ili plazmida. Proteini Cas sudjeluju u svim fazama zaštite bakterija od napada stranom DNA koji se odvija u 3 faze. Sekvenciranjem transkriptoma bakterije Escherichia coli uzgojenih u različitim uvjetima rasta, pronađeni su zanimljivi geni kandidati koji bi mogli utjecati na aktivnost sustava CRISPR-Cas. U ovom radu je istraživano utječu li geni cspE, ibpB, oppA, symE, ygcU i yjfN na aktivnost sustava CRISPR-Cas u zaštiti bakterije E. coli. Istraživani geni su uspješno klonirani u ekspresijski vektor pBad-HisA što je potvrđeno metodom PCR, restrikcijom plazmida i sekvenciranjem. Tri gena su uspješno deletirana. Analiza dobivenih rezultata ukazuje da niti jedan od istraživanih gena nije aktivator niti represor sustava CRISPR-Cas. Geni symE i yjfN povratili su aktivnost sustava CRISPR-Cas na 30 °C u soju bez gena hns i htpG što ukazuje na njihovu indirektnu ulogu. Samo gen cspE pokazao je utjecaj na naivnu adaptaciju.

CRISPR-Cas, regulacija, HNS, HtpG, E. coli

nije evidentirano