Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 1132251

Utjecaj solvatacijskih efekata na potpuni kofnormacijski prostor L-karnitina


Bakija, Marija; Mikelić, Ana; Sović, Karlo; Hrenar, Tomica
Utjecaj solvatacijskih efekata na potpuni kofnormacijski prostor L-karnitina // SiSK5 2018. - Simpozij Studenata Kemičara: Knjiga sažetaka / Baus, Nea ; Becker, Kristin ; Liović, Marin ; Usenik, Andrea ; Zavidić, Virna (ur.).
Zagreb: Prirodoslovno-matematički faklutet, Kemijski odsjek i Hrvatsko kemijsko društvo, 2018. str. 56-56 (poster, nije recenziran, sažetak, znanstveni)


CROSBI ID: 1132251 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Utjecaj solvatacijskih efekata na potpuni kofnormacijski prostor L-karnitina
(Influence of solvation effects on the full conformational space of L-carnitine)

Autori
Bakija, Marija ; Mikelić, Ana ; Sović, Karlo ; Hrenar, Tomica

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
SiSK5 2018. - Simpozij Studenata Kemičara: Knjiga sažetaka / Baus, Nea ; Becker, Kristin ; Liović, Marin ; Usenik, Andrea ; Zavidić, Virna - Zagreb : Prirodoslovno-matematički faklutet, Kemijski odsjek i Hrvatsko kemijsko društvo, 2018, 56-56

Skup
Simpozij Studenata Kemičara

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 27.10.2018

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
konformacijska analiza, holističko pretraživanje, COSMO model, karnitin
(conformational analysis, grid search, COSMO model, carnitine)

Sažetak
Karnitin se u tijelu javlja samo u obliku L izomera, a u krvožilnom sustavu je gotovo potpuno (99, 98 %) u obliku zwitteriona zbog uvjeta pH. Eksperimentalno potvrđene, važne uloge L-karnitina poput smanjenja koncentracije triglicerida, lipoproteina vrlo niske gustoće te kolesterola, ukazuju na to da bi L-karnitin mogao biti važan za smanjenje kardiovaskularnih oboljenja [1]. Cilj ovog rada je ispitati potpun konformacijski prostor L-karnitina i utjecaj otapala na njega. Generirane su tri plohe potencijalne energije razapete sa pet torzijskih koordinata molekule L-karnitina, pri čemu jedna ploha opisuje stanje sustava u vakuumu, a preostale dvije dodatno uključuju implicitni opis otapala preko COSMO modela. Kao algoritam pretrage ploha potencijalnih energija korišteno je holističko pretraživanje (engl. grid search) implementirano unutar programa qcc [2] zajedno s programom MOPAC [3] pomoću kojeg su provedeni proračuni elektronske energije osnovnog stanja s PM7 hamiltonijanom te njihova korekcija uz implicitno opisano otapalo. U COSMO modelu kao otapalo je korištena voda pri 25 °C s dielektričnom konstantom 78, 4 te su korištena dva konveksna poliedra, jedan sa 42 plohe i drugi sa 122 plohe. Pretraga svih lokalnih minimuma provedena je pomoću programa moonee [4], a izdvojeni lokalni minimumi su zatim optimizirani na istoj razini teorije. Iz dobivenih minimuma izračunan je neredundantni set konformera, a njihova relativna zastupljenost pri sobnoj temperaturi određena je na temelju Maxwell-Boltzmannove raspodjele. Napravljena je detaljna usporedba konformacijskih prostora L-karnitina u vakuumu, u vodi implicitnog opisa s konveksnim 42- straničnim poliedrom te s konveksnim 122- straničnim poliedrom korištenim u COSMO modelu.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija



POVEZANOST RADA


Projekti:
HRZZ-IP-2016-06-3775 - Aktivnošću i in silico usmjeren dizajn malih bioaktivnih molekula (ADESIRE) (Hrenar, Tomica, HRZZ - 2016-06) ( POIROT)

Ustanove:
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Profili:

Avatar Url Tomica Hrenar (autor)

Avatar Url Karlo Sović (autor)

Avatar Url Marija Bakija (autor)

Avatar Url Ana Mikelić (autor)


Citiraj ovu publikaciju

Bakija, Marija; Mikelić, Ana; Sović, Karlo; Hrenar, Tomica
Utjecaj solvatacijskih efekata na potpuni kofnormacijski prostor L-karnitina // SiSK5 2018. - Simpozij Studenata Kemičara: Knjiga sažetaka / Baus, Nea ; Becker, Kristin ; Liović, Marin ; Usenik, Andrea ; Zavidić, Virna (ur.).
Zagreb: Prirodoslovno-matematički faklutet, Kemijski odsjek i Hrvatsko kemijsko društvo, 2018. str. 56-56 (poster, nije recenziran, sažetak, znanstveni)
Bakija, M., Mikelić, A., Sović, K. & Hrenar, T. (2018) Utjecaj solvatacijskih efekata na potpuni kofnormacijski prostor L-karnitina. U: Baus, N., Becker, K., Liović, M., Usenik, A. & Zavidić, V. (ur.)SiSK5 2018. - Simpozij Studenata Kemičara: Knjiga sažetaka.
@article{article, year = {2018}, pages = {56-56}, keywords = {konformacijska analiza, holisti\v{c}ko pretra\v{z}ivanje, COSMO model, karnitin}, title = {Utjecaj solvatacijskih efekata na potpuni kofnormacijski prostor L-karnitina}, keyword = {konformacijska analiza, holisti\v{c}ko pretra\v{z}ivanje, COSMO model, karnitin}, publisher = {Prirodoslovno-matemati\v{c}ki faklutet, Kemijski odsjek i Hrvatsko kemijsko dru\v{s}tvo}, publisherplace = {Zagreb, Hrvatska} }
@article{article, year = {2018}, pages = {56-56}, keywords = {conformational analysis, grid search, COSMO model, carnitine}, title = {Influence of solvation effects on the full conformational space of L-carnitine}, keyword = {conformational analysis, grid search, COSMO model, carnitine}, publisher = {Prirodoslovno-matemati\v{c}ki faklutet, Kemijski odsjek i Hrvatsko kemijsko dru\v{s}tvo}, publisherplace = {Zagreb, Hrvatska} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font