hrvatski

Karakterizacija markera u proteomu seruma purića nakon zaraze astrovirusima

Cilj svake uspješne proizvodnje peradi je zadržati zdravlje jata. No upravo su mlade jedinke s najizraženijim potencijalom rasta najpodložnije zarazi patogenima. Probavni sustav je zbog svoje funkcije stalno izložen raznim mikroorganizmima od kojih su neki i poželjni dok oni drugi svojim štetnim djelovanjem izravno koče rast i razvoj same jedinke. U ovom istraživanju analiziran je utjecaj astrovirusne infekcije na serumske proteine purića s ciljem pronalaženja potencijalnih markera kojima bi se moguće patološke promjene detektirale već prije početka bolesti. Za ovo istraživanje korišteni su serumi 15 purića te uzorci slezene i tankog crijeva 5 purića, linija Hybrid, dobi 5 i 13 dana. Prethodnom dijagnostikom su u uzorcima slezene i tankog crijeva, metagenomikom primjenom sekvenciranja nove generacije, dokazani astrovirusi u jata dobi 13 dana te odsustvo virusa u drugom jatu, koje je korišteno kao negativna kontrola prilikom kasnije analize proteoma seruma. Za identifikaciju i relativnu kvantifikaciju proteina seruma korišten je SEQUEST algoritam unutar računalnog programa Proteome Discoverer. Kako bi se proteine točnije identificiralo i kako bi se definirala njihova uloga u organizmu koristili smo programe STRINGdb v11.0, KEGG Pathways, REACTOME Pathways. Analiza proteoma pokazala je jasnu razliku proteomskih podataka jata pozitivnog na astroovirus u odnosu na negativno jato. Identificirano je 68 jedinstvenih proteina, od kojih je 46 pojačano eksprimirano, a 22 podeksprimirano, te se moguće mogu koristiti kao dijagnostički markeri za dokaz i praćenje zaraze astrovirusom ili drugim crijevnim ili sistemskim virusima.

puran, Astrovirus, zaraza, metagenomika, serum, proteomika

nije evidentirano