hrvatski

Popravljanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na algoritmu HERA

Današnji uređaji za sekvenciranje nemaju mogućnosti sekvencirati cijele genome, već samo pročitati manje dijelove koji se nazivaju očitanja uz prisutnost određene količine pogreške u procesu. Budući da je sastavljanje cijelog genoma na temelju takvih očitanja jedan od osnovnih zadataka u bioinformatici, potrebno je moći što bolje sastaviti cijeli genom te minimizirati količinu pogrešaka nastalih tijekom procesa sastavljanja. Alati za sastavljanje genoma u mogućnosti su sastaviti samo manje dijelove većih genoma što rezultira djelomično sastavljenim fragmentiranim genomima. Za poboljšanje takvih djelomično sastavljenih genoma koriste se dodatni alati. U ovom radu koristimo poboljšanje djelomično sastavljenog genoma temeljeno na tri osnovna koraka algoritma HERA: generiranje grafa preklapanja, generiranje staza kroz graf te odabir najboljih staza u grafu za generiranje sekvenci. Rezultati takvog pristupa rješavanja problema djelomično sastavljenog genoma prikazani su na testnim podacima sekvenci.

bioinformatika ; sekvenciranje ; genom ; algoritam HERA

nije evidentirano