Nalazite se na CroRIS probnoj okolini. Ovdje evidentirani podaci neće biti pohranjeni u Informacijskom sustavu znanosti RH. Ako je ovo greška, CroRIS produkcijskoj okolini moguće je pristupi putem poveznice www.croris.hr
izvor podataka: crosbi !

Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja (CROSBI ID 434128)

Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad

Frajlić, Nera Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja / Križanović, Krešimir (mentor); Zagreb, Fakultet elektrotehnike i računarstva, . 2020

Podaci o odgovornosti

Frajlić, Nera

Križanović, Krešimir

hrvatski

Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja

Aleli su inačice gena koje se kod većine višestaničnih organizama nalaze na istom mjestu u homolognim parovima kromosoma. Par alela čini nasljednu osobinu. Poznavanje inačica pojedinog gena vrlo je korisno, no alele nije uvijek jednostavno prepoznati u uzorku. Pojedini aleli mogu biti slabo zastupljeni u populaciji, pa tako i u uzorku za istraživanje. Cilj ovog rada je razviti metode i algoritme grupiranja za prepoznavanje različitih alela u uzorku sekvenciranih gena MHC jelena običnog. Implementirana su četiri algoritma u programskom jeziku C++ koristeći alate Spoa i bioparser te algoritme dinamičkog programiranja međusobnog poravnanja sekvenci. Uzorci gena promatrani u radu dobiveni su sekvenciranjem metodom Ion Torrent i pohranjeni u datotekama FASTQ formata. U radu su opisani spomenuti algoritmi i rezultati dobiveni koristeći raspoložive podatke. Metode uspješno detektiraju vrlo zastupljene alele u uzorcima te ilustriraju probleme koji nastaju pri određivanju slabo zastupljenih alela kao i prisutnosti nevažećih podataka u uzorku.

alel, gen, grupiranje, poravnanje, dinamičko programiranje, C++, SPOA

nije evidentirano

engleski

Discovering gene variants using clustering and dynamic programming algorithms

nije evidentirano

allele, gene, clustering, alignment, dynamic programming, C++, SPOA

nije evidentirano

Podaci o izdanju

42

06.07.2020.

obranjeno

Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj

Fakultet elektrotehnike i računarstva

Zagreb

Povezanost rada

Računarstvo