Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 1075640

Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja


Frajlić, Nera
Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja, 2020., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 1075640 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja
(Discovering gene variants using clustering and dynamic programming algorithms)

Autori
Frajlić, Nera

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
06.07

Godina
2020

Stranica
42

Mentor
Križanović, Krešimir

Ključne riječi
alel, gen, grupiranje, poravnanje, dinamičko programiranje, C++, SPOA
(allele, gene, clustering, alignment, dynamic programming, C++, SPOA)

Sažetak
Aleli su inačice gena koje se kod većine višestaničnih organizama nalaze na istom mjestu u homolognim parovima kromosoma. Par alela čini nasljednu osobinu. Poznavanje inačica pojedinog gena vrlo je korisno, no alele nije uvijek jednostavno prepoznati u uzorku. Pojedini aleli mogu biti slabo zastupljeni u populaciji, pa tako i u uzorku za istraživanje. Cilj ovog rada je razviti metode i algoritme grupiranja za prepoznavanje različitih alela u uzorku sekvenciranih gena MHC jelena običnog. Implementirana su četiri algoritma u programskom jeziku C++ koristeći alate Spoa i bioparser te algoritme dinamičkog programiranja međusobnog poravnanja sekvenci. Uzorci gena promatrani u radu dobiveni su sekvenciranjem metodom Ion Torrent i pohranjeni u datotekama FASTQ formata. U radu su opisani spomenuti algoritmi i rezultati dobiveni koristeći raspoložive podatke. Metode uspješno detektiraju vrlo zastupljene alele u uzorcima te ilustriraju probleme koji nastaju pri određivanju slabo zastupljenih alela kao i prisutnosti nevažećih podataka u uzorku.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Krešimir Križanović (mentor)

Citiraj ovu publikaciju

Frajlić, Nera
Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja, 2020., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Frajlić, N. (2020) 'Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja', diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Frajli\'{c}, N.}, year = {2020}, pages = {42}, keywords = {alel, gen, grupiranje, poravnanje, dinami\v{c}ko programiranje, C++, SPOA}, title = {Pronala\v{z}enje varijanti gena grupiranjem pomo\'{c}u algoritama dinami\v{c}kog programiranja}, keyword = {alel, gen, grupiranje, poravnanje, dinami\v{c}ko programiranje, C++, SPOA}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Frajli\'{c}, N.}, year = {2020}, pages = {42}, keywords = {allele, gene, clustering, alignment, dynamic programming, C++, SPOA}, title = {Discovering gene variants using clustering and dynamic programming algorithms}, keyword = {allele, gene, clustering, alignment, dynamic programming, C++, SPOA}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font