Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja (CROSBI ID 434128)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Frajlić, Nera
Križanović, Krešimir
hrvatski
Pronalaženje varijanti gena grupiranjem pomoću algoritama dinamičkog programiranja
Aleli su inačice gena koje se kod većine višestaničnih organizama nalaze na istom mjestu u homolognim parovima kromosoma. Par alela čini nasljednu osobinu. Poznavanje inačica pojedinog gena vrlo je korisno, no alele nije uvijek jednostavno prepoznati u uzorku. Pojedini aleli mogu biti slabo zastupljeni u populaciji, pa tako i u uzorku za istraživanje. Cilj ovog rada je razviti metode i algoritme grupiranja za prepoznavanje različitih alela u uzorku sekvenciranih gena MHC jelena običnog. Implementirana su četiri algoritma u programskom jeziku C++ koristeći alate Spoa i bioparser te algoritme dinamičkog programiranja međusobnog poravnanja sekvenci. Uzorci gena promatrani u radu dobiveni su sekvenciranjem metodom Ion Torrent i pohranjeni u datotekama FASTQ formata. U radu su opisani spomenuti algoritmi i rezultati dobiveni koristeći raspoložive podatke. Metode uspješno detektiraju vrlo zastupljene alele u uzorcima te ilustriraju probleme koji nastaju pri određivanju slabo zastupljenih alela kao i prisutnosti nevažećih podataka u uzorku.
alel, gen, grupiranje, poravnanje, dinamičko programiranje, C++, SPOA
nije evidentirano
engleski
Discovering gene variants using clustering and dynamic programming algorithms
nije evidentirano
allele, gene, clustering, alignment, dynamic programming, C++, SPOA
nije evidentirano
Podaci o izdanju
42
06.07.2020.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb