hrvatski

Metabarkodiranje za potrebe molekularnih trofičkih analiza

DNA barkodiranje je standardna metoda za taksonomsku identifikaciju vrsta koja se zasniva na umnažanju i sekvenciranju kratkog fragmenta mitohondrijske ili jezgrine DNA [1]. Ova metoda je najčešće korištena za identifikaciju vrsta koje je teško morfološki odrediti te za filogenetska istraživanja. Na ovaj način vrsta se potvrđuje pretragom baza podataka (National Center for Biotechnology Information(NCBI baza podataka), Barcode of Life(BOLD baza podataka) korištenjem dobivene sekvence. Problem nastaje kod slabo istraženih skupina i geografskih područja, što je slučaj i za neke dijelove Hrvatske. Metoda metabarkodiranja podrazumijeva izolaciju DNA skupnog uzorka, umnažanje DNA te sekvenciranje visoke protočnosti. Ova metoda osim u taksonomskim istraživanjima primjenu je našla i u istraživanjima trofičkih odnosa predatora i plijena te je uspješno zamijenila ranije korištene metode [2]. S obzirom da se ova metodologija oslanja na izgradnju trofičke mreže putem dostupnih sekvenci problem nastaje ukoliko potrebne sekvence nisu dostupne u bazama podatka, zbog nekog od ranije navedenih razloga, što je posebno izraženo kod prvih istraživanja trofičkih interakcija u određenom ekosustavu. Ovo istraživanje dio je projekta MEDITERATRI koji se bavi analizom trofičkih odnosa u mediteranskim agroekosustavima te održivosti predatorskih beskralježnjaka u ekosustavima opterećenim uporabom različitih pesticida. Cilj istraživanja je korištenjem DNA barkodiranja izraditi dodatnu projektnu bazu podataka koja bi jedinke uzorkovane terenskim radom povezala s njihovim sekvencama te kasnije sa sekvencama plijena dobivenih metabarkodiranjem sadržaja probavila predatora. Ovaj rad će prikazati prve rezultate barkodiranja faune te metabarkodiranja probavila predatorskih trčaka u mediteranskim agroekosustavima.

analize trofičkih odnosa ; DNA barkodiranje ; metabarkodiranje ; pesticidi ; projektna baza podataka

nije evidentirano