hrvatski

Karakterizacija satelitnih DNA kukca brašnara Tribolium freemani Hinton

Satelitne DNA su uzastopno ponavljajuće sekvence DNA dominantno smještene u heterokromatinskim regijama eukariotskih genoma. Iako često zaprimaju značajan udio u genomima, funkcija im još uvijek nije u potpunosti razjašnjena. Kukac brašnar Tribolium freemani, učestali štetnik u skladištima hrane, zanimljiv je za laboratorijska istraživanja zbog bliske srodnosti s modelnim organizmom Tribolium castaneum. Prije četvrt stoljeća u genomu vrste T. freemani opisana je satelitna DNA koja čini gotovo trećinu genomske sekvence. U ovom radu genom vrste T. freemani sekvenciran je tehnologijom sekvenciranja nove generacije (NGS) sa svrhom pronalaženja dosad neotkrivenih satelitnih DNA. Upotrebom bioinformatičkog alata TAREAN koji identificira potencijalne satelitne sekvence na temelju neposloženih NGS očitanja otkriveno je šest novih, niskozastupljenih satelitnih DNA čiji kumulativni udio u genomu iznosi <0, 2%. Uzastopno ponovljena organizacija ovih sekvenci uspješno je dokazana metodom hibridizacije Southern blot, dok je pomoću metode fluorescencijske hibridizacije in situ određen njihov kromosomski smještaj. Bioinformatičkom analizom utvrđeno je da u genomu sestrinske vrste T. castaneum postoje sekvence homologne novootkrivenim satelitnim DNA vrste T. freemani, a njihova usporedba pokazala je da satelitni monomeri unutar dviju vrsta evoluiraju slijedeći principe usklađene evolucije.

Tribolium freemani ; satelitna DNA ; sekvenciranje nove generacije

nije evidentirano