Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 1013590

Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima


Lipovac, Josipa
Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 1013590 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima
(A Benchmark of Tools for Metagenomic Species Identification)

Autori
Lipovac, Josipa

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
35

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Marić, Josip

Ključne riječi
metagenomika, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, ocjena alata
(metagenomics, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, benchmark)

Sažetak
Metagenomika jest relativno novo područje bioinformatike koje se bavi proučavanjem uzoraka preuzetih direktno iz prirode. Veliku primjenu ima u analizi i održavanju ljudskog zdravlja. U toj primjeni svoju ulogu igra sama identifikacija vrsta u metagenomskim uzorcima za koju se koriste alati kao što su Kraken, MetaPhlAn2 te CLARK. Za ispitivanje njihove funkcionalnosti osmišljena su dva različita testna skupa podataka, skup kratkih i skup dugih očitanja. Nakon simulacije tih testnih skupova, provela se klasifikacija uzoraka. Kraken se pokazao kao alat koji klasificira velik broj sekvenci, no točnost te klasifikacije mu je bila lošija. CLARK je klasificirao manji broj sekvenci, no točnost te klasifikacije bila je na visokoj razini. Kod alata MetaPhlAn2 klasificiralo se neznatno malo sekvenci, a daljnja evaluacija za taj alat je izostavljena

Izvorni jezik
Hrvatski



POVEZANOST RADA


Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)

Avatar Url Josip Marić (mentor)

Citiraj ovu publikaciju

Lipovac, Josipa
Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Lipovac, J. (2019) 'Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima', diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Lipovac, J.}, year = {2019}, pages = {35}, keywords = {metagenomika, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, ocjena alata}, title = {Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima}, keyword = {metagenomika, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, ocjena alata}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Lipovac, J.}, year = {2019}, pages = {35}, keywords = {metagenomics, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, benchmark}, title = {A Benchmark of Tools for Metagenomic Species Identification}, keyword = {metagenomics, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, benchmark}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font