Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima (CROSBI ID 428087)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Lipovac, Josipa
Šikić, Mile
Marić, Josip
hrvatski
Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima
Metagenomika jest relativno novo područje bioinformatike koje se bavi proučavanjem uzoraka preuzetih direktno iz prirode. Veliku primjenu ima u analizi i održavanju ljudskog zdravlja. U toj primjeni svoju ulogu igra sama identifikacija vrsta u metagenomskim uzorcima za koju se koriste alati kao što su Kraken, MetaPhlAn2 te CLARK. Za ispitivanje njihove funkcionalnosti osmišljena su dva različita testna skupa podataka, skup kratkih i skup dugih očitanja. Nakon simulacije tih testnih skupova, provela se klasifikacija uzoraka. Kraken se pokazao kao alat koji klasificira velik broj sekvenci, no točnost te klasifikacije mu je bila lošija. CLARK je klasificirao manji broj sekvenci, no točnost te klasifikacije bila je na visokoj razini. Kod alata MetaPhlAn2 klasificiralo se neznatno malo sekvenci, a daljnja evaluacija za taj alat je izostavljena
metagenomika, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, ocjena alata
nije evidentirano
engleski
A Benchmark of Tools for Metagenomic Species Identification
nije evidentirano
metagenomics, Kraken, CLARK, MetaPhlAn2, benchmark
nije evidentirano
Podaci o izdanju
35
03.07.2019.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb