Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 1013588

Mapiranje dugačkih očitanja


Pongračić, Kristijan
Mapiranje dugačkih očitanja, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 1013588 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Mapiranje dugačkih očitanja
(Long Reads Mapping)

Autori
Pongračić, Kristijan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
38

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
bioinformatika, mapiranje, dugačka očitanja, Minimap2
(bioinformatics, mapping, long reads, Minimap2)

Sažetak
Mapiranje dugačkih očitanja jest problem pronalaska dijela reference na koje bi se konkretno očitanje moglo najbolje poravnati. U ovom radu opisana je implementacija programa koji mapira dugačka očitanja. Program je napisan u programskom jeziku C++. Koristi se pristup u kojem se ne gleda cijelo očitanje, već samo krajevi duljine K. Referenca se podijeli na regije duljine 2K s preklapanjem od K te se indeksira. Indeksiranjem krajeva očitanja te usporedbom s indeksima na referenci mogu se brzo filtrirati kandidatne pozicije. Rezultati su uspoređeni s Minimap2 metodom. Izvorni kôd dostupan je na https://github.com/lbcb-edu/BSc- thesis-18- 19/tree/kpongracic.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)

Avatar Url Robert Vaser (mentor)


Citiraj ovu publikaciju

Pongračić, Kristijan
Mapiranje dugačkih očitanja, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Pongračić, K. (2019) 'Mapiranje dugačkih očitanja', diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Pongra\v{c}i\'{c}, K.}, year = {2019}, pages = {38}, keywords = {bioinformatika, mapiranje, duga\v{c}ka o\v{c}itanja, Minimap2}, title = {Mapiranje duga\v{c}kih o\v{c}itanja}, keyword = {bioinformatika, mapiranje, duga\v{c}ka o\v{c}itanja, Minimap2}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Pongra\v{c}i\'{c}, K.}, year = {2019}, pages = {38}, keywords = {bioinformatics, mapping, long reads, Minimap2}, title = {Long Reads Mapping}, keyword = {bioinformatics, mapping, long reads, Minimap2}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font