Mapiranje dugačkih očitanja (CROSBI ID 428085)
Ocjenski rad | sveučilišni preddiplomski završni rad
Podaci o odgovornosti
Pongračić, Kristijan
Šikić, Mile
Vaser, Robert
hrvatski
Mapiranje dugačkih očitanja
Mapiranje dugačkih očitanja jest problem pronalaska dijela reference na koje bi se konkretno očitanje moglo najbolje poravnati. U ovom radu opisana je implementacija programa koji mapira dugačka očitanja. Program je napisan u programskom jeziku C++. Koristi se pristup u kojem se ne gleda cijelo očitanje, već samo krajevi duljine K. Referenca se podijeli na regije duljine 2K s preklapanjem od K te se indeksira. Indeksiranjem krajeva očitanja te usporedbom s indeksima na referenci mogu se brzo filtrirati kandidatne pozicije. Rezultati su uspoređeni s Minimap2 metodom. Izvorni kôd dostupan je na https://github.com/lbcb-edu/BSc- thesis-18- 19/tree/kpongracic.
bioinformatika, mapiranje, dugačka očitanja, Minimap2
nije evidentirano
engleski
Long Reads Mapping
nije evidentirano
bioinformatics, mapping, long reads, Minimap2
nije evidentirano
Podaci o izdanju
38
03.07.2019.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb