engleski

Using Reference Database for Plasmid Prediction

Glavna zadaća ovoga rada jest analiza algoritma zaduženog za predviđanje plazmida na temelju referentne baze za kratka očitanja, temeljenog na BLAST-u, te razvoj novog algoritma temeljenog na algoritmu minimap2. Unatoč tome što ima kraće vrijeme izvođenja, algoritam razvijen u ovom radu pokazuje slabije rezultate klasifikacije, nego postojeći BLAST algoritam, stoga su potrebna buduća poboljšanja. Klasifikacija se provodi i na poznatim i na nepoznatim plazmidima i kromosomima, koji su podijeljeni na podnizove duljine k. Nadalje, unakrsna validacija provodi se za tri najučestalije i medicinski najbitnije vrste bakterija u bazi, sljedećih naziva: Escherichia Coli, Klebsiella Pneumoniae i Salmonella enterica. Izvorni kod dostupan je na: https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18- 19/tree/sdeur.

bacterium, plasmid, chromosome, classification, cross-validation

nije evidentirano