Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 1010196

Gornja granica u sastavljanju genoma


Požega, Luka
Gornja granica u sastavljanju genoma, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb


CROSBI ID: 1010196 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Gornja granica u sastavljanju genoma
(Upper bound in genome assembly)

Autori
Požega, Luka

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
22

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
gornja granica, sastavljanje genoma, graf
(upper bound, genome assembly, graph)

Sažetak
U ovom radu je opisan alat za raˇcunanje gornje granice u sastavljanju genoma. U potpunosti je napisan u jeziku C++ i testiran na nekoliko skupova podataka. Alat ispisuje postotak pokrivenosti genoma ovisno o ulaznim podacima dobivenih sekvenciranjem. Takod¯er se kreira i datoteka u GFA format koja služi za sastavljanje grafa. U radu je korišteno nekoliko algoritama poput sweep line algoritma, pretraživanja u dubinu i Needleman–Wunsch algoritma. Testiran je na dva skupa podataka: genomu bakterije Escherichie coli i kvascu Saccharomyces cerevisiae. Glavnu primjenu ´ce na´ci u evaluiranju kvalitete podatak dobivenih sekvenciranjem, kao i kod evaluiranja drugih alata za sastavljanje genoma.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo



POVEZANOST RADA


Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb

Profili:

Avatar Url Mile Šikić (mentor)

Avatar Url Robert Vaser (mentor)

Citiraj ovu publikaciju

Požega, Luka
Gornja granica u sastavljanju genoma, 2019., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Požega, L. (2019) 'Gornja granica u sastavljanju genoma', diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Po\v{z}ega, L.}, year = {2019}, pages = {22}, keywords = {gornja granica, sastavljanje genoma, graf}, title = {Gornja granica u sastavljanju genoma}, keyword = {gornja granica, sastavljanje genoma, graf}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Po\v{z}ega, L.}, year = {2019}, pages = {22}, keywords = {upper bound, genome assembly, graph}, title = {Upper bound in genome assembly}, keyword = {upper bound, genome assembly, graph}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font