hrvatski

Sekvenciranje nove generacije (NGS) u dijagnostici i liječenju malignih bolesti

Napredak u razvoju tehnika sekvenciranja doveo je do sve veće primjene sekvenciranja nove generacije (engl. next-generation sequencing, NGS) te omogućio bolje razumijevanje prirode mnogih bolesti i unaprijedio mogućnosti njihovog liječenja, posebice malignih bolesti. Brojne su prednosti NGS tehnologije, prije svega mogućnost istovremene analize golemog broja uzoraka, kojom je omogućeno masivno paraleno sekvenciranje ogromnog broja ciljnih regija gena i otkrivanje višestrukih mutacija u istoj analizi. Još jedna značajna prednost očituje se u skraćenom vremenu analize te u znatno manjoj količini DNA/RNA potrebne za reakciju (bilo one izolirane iz krvi, svježeg tkiva ili tkiva uklopljenog u parafin). Troškovi sekvenciranja DNA danas su znatno smanjeni, a trenutno dostupne tehnologije omogućavaju provedbu različitih pristupa sekvenciranju. Nekoliko pristupa uključuje cjelogenomsko sekvenciranje (engl. whole genome sequencing, WGS), odnosno analizu varijacija u pojedinačnom nukleotidu i razlika broja kopija u svim parovima baza DNA ; cjeloegzomsko sekvenciranje (engl. whole exome sequencing, WES) za analize mutacija i razlika u broju kopija prepisanih eksona ; sekvenciranje RNA (analize ekspresije gena, dorade RNA i stvaranja fuzijskih transkripata) te detekciju epigenetičkih promjena. U rutinskoj primjeni su već i brojni genski paneli za ciljana testiranja, namijenjena za dokazivanje najčešćih promjena u genskim i intronskim sekvencama karakterističnim za određene tumore, a dobiveni rezultati pružaju izbor nekih novih terapijskih opcija. Izlaganje donosi pregled recentnih spoznaja u primjeni tehnika NGS u analizi tumora, od predanalitičkog dijela (dobivanje adekvatnog uzorka za analizu) do izbora informatičkih alata potrebnih za obradu goleme količine podataka, stvorenih tijekom sekvenciranja. Pobliže se razmatraju i izazovi u anotiranju genetičkih varijacija povezanih s njihovom klinički relevantnom interpretacijom.

sekvenciranje nove generacije (NGS), genomika, tumori, bioinformatika

nije evidentirano