Bioinformatička reanaliza ekspresijskih podataka otkriva niz prethodno neprepoznatih lncRNA uključenih u patogenezu aortne stenoze (CROSBI ID 265705)
Prilog u časopisu | kratko priopćenje
Podaci o odgovornosti
Zeljko, Martina ; Gošev, Igor ; Počanić, Darko ; Kozmar, Damir ; Vujanić, Darko ; Legčević, Zoran ; Bešić, Dino ; Paić, Frane
hrvatski
Bioinformatička reanaliza ekspresijskih podataka otkriva niz prethodno neprepoznatih lncRNA uključenih u patogenezu aortne stenoze
Uvod: Duge nekodirajuće RNA (lncRNAs) molekule, odnosno nekodirajuće RNA veće od 200 nukleotida, tvore heterogenu skupinu regulatornih RNA molekula koja pored ostalog obuhvaća intergenske lncRNA, antisens lncRNA transkripte i eRNA (enhancer lncRNA) molekule. S obzirom na sposobnost moduliranja stanične miR/ mRNA mreže i strukture kromatina terapijski potencijal lncRNA izrazito je velik te otvara mogućnosti za razvoj novih strategija liječenja u kardiovaskularnoj medicini. Nedavne studije pokazuju da promjene u ekspresiji i funkciji lncRNA igraju važnu ulogu u razvoju i progresiji aortne stenoze (AS) i AS-inducirane hipertrofije srca. Međutim, naše znanje o lncRNA diferencijalno izraženima u stenozom tkivu aortalnih zalistaka ili tijekom AS-inducirane srčane fibroze i remodeliranja miokarda ograničeno je tek na nekoliko primjera.1 Metode: Bioinformatička reanaliza dosad objavljenih ekspresijskih podataka dobivenih obradom postoperativnih uzoraka AS pacijenata te kontrolnih, patološki nepromijenjenih uzoraka aortalnih zalistaka izvršena je uporabom mrežnog programa DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) v6.8. Rezultati: Osim lncRNA, MALAT1 i H19 sa već poznatom ulogom u osteogenoj transdiferencijaciji valvularnih intersticijskih stanica tijekom kalcifikacije aortalnih zalistaka, bioinformatička reanaliza otkrila je nekoliko prethodno neprepoznatih intergenskih, intronskih i antisens lncRNA molekula različito izraženih u stenotičkim zalistcima AS pacijenata u odnosu na kontrolno, patološki nepromijenjeno tkivo aortalnih zalistaka (slika 1). Zaključak: Bioinformatička analiza ekspresijskih studija u kombinaciji s novim, dorađenim podacima o nukleotidnom slijedu humanog genoma predstavlja koristan alat za otkrivanje prethodno neprepoznatih lncRNA transkripata upletenih u nastanak i razvoj aortalne stenoze.
aortna stenoza, lncRNA, bioinformatička analiza
nije evidentirano
engleski
Bioinformatic reanalysis of gene expression microarray data reveals a number of previously unrecognized lncRNAs implicated in the pathogenesis of aortic stenosis
nije evidentirano
aortic valve stenosis, lncRNA, bioinformatic analysis
nije evidentirano
